顺治三年至十六年，郑成功领导了声势浩大的抗清斗争，其间实施了很多出色的粮策。
    
海澄退敌
    清军南下后，大海盗郑芝龙打算以降清为条件，继续称霸东南海上。
    但是，他的如意算盘被其子郑成功打得粉碎。就在郑芝龙于顺治三年（1646）降清后不久，郑成功就撑起了抗清的大旗，用其父毕生积聚的财富购买粮食军械，招募4万军队，一举夺取了清军驻防的海澄港。
    顺治十年（1653），清平南将军、固山额真金砺奉命攻打海澄。
    金砺调集数百门大炮，对郑军连击两天两夜，郑军营垒坏而复修，修而又坏，死伤惨重。当时，郑成功还没有巨炮，无力还击，军士只能挖防空洞躲避，加之粮草缺乏，人心开始动摇，斗志有所松懈。危机时刻，郑成功登上城楼观敌，不禁面露喜色，对众将说：“敌军之所以如此疯狂地向我们进攻，是因为他们的粮草和弹药即将用完了，这是孤注一掷的表现。明天，他们一定会来决战。只要我们一鼓作气打胜明天这一仗，敌军自会退去。”第二天，清军果然全营杀来，郑成功传令地炮齐发。过河的清军全被烧死。郑军一齐冲出，拼死撕杀。清军大败，金砺连夜逃走。
    海澄退敌后，为了确保粮饷供给，郑成功扩大海外贸易，每年与东南亚、日本各国贸易额达424万两，筹集了大量粮食和火炮等武器。     白沙大捷
    顺治十三年（1656），清朝又以世子济度为统帅，调集满汉大军3万，对郑成功实施围剿。
    大敌当前，郑成功采取了一系列应对措施。一是筹粮，从云霄、龙岩、惠安、仙游等地征集粮食40多万石；二是整饬军队，将水陆战法编成定式颁发全军，将士在惊涛骇浪中操练如履平地；三是收缩战线，全师退守厦门，对敌实施坚壁清野；四是派12镇水师沿海北上，进入长江，牵制清军后方。
    济度调3路水师进犯厦门，郑成功率战舰迎敌，双方相遇于白沙。大战开始，突然狂风大作，阴雾迷蒙，清军不习水战，舰船被大风吹散。郑军乘机进攻，大败清军。
    白沙大捷后，郑成功准备挥师北上，攻打南京。但就在这时，驻守海澄的黄梧叛降了清军。海澄是郑成功积储粮    饷军械的大后方，城内25万石粮食、不计其数的武器财物全被清军劫去。与此同时，清朝又对郑成功实施经济封锁，沿海各地或筑土坝，或树木栅，严防死守，想以此断绝郑军粮源。
    郑成功暂时搁置北伐计划，全力应对清军的封锁。他见济度主力驻守漳州，省城福州空虚，便派15镇官兵北上攻掠福州，沿途收缴粮食及金银珠宝无数，补偿了海澄之劫的损失。
    
南京之战
    顺治十六年（1659）四月，郑成功率大军北征南京。南京自古是漕运重镇，郑成功如拿下此地，既可掌控东南最富庶的粮食产地，又可切断江南对北方清政府的粮食供应，对于他的抗清事业具有重要意义。
    郑成功要攻取南京，首先要拿下镇江、瓜州、崇明3个战略要地。当时，
    清军在镇江至瓜洲10里江面上，耗巨资用巨木筑起长坝，再以铁索互相牵绕，横截江流，名曰“滚江龙”。郑成功以舰炮封锁岸上火力，命善泅者斩断“滚江龙”，挥兵大进，遂克瓜洲。六月，再陷镇江。瓜洲、镇江一失，崇明的粮源就被切断了，守城清军难以坚守，郑军不战而得崇明。之后，郑成功下令包围南京，在城北和城南扎下83座营寨，各营安设大炮，同时准备云梯、藤牌、铁锹、凿子、火药等攻城器械和物资。
    南京城内清军最高指挥官喀喀木下令将城外靠近城墙的房屋烧毁，以扫清防守视野，把近城10里内的百姓全部迁入城中。城中粮价飞涨，为安定人心，喀喀木强令商家出售粮食，允许百姓进出南边和东边两座城门，将粮食、柴草运往城中，并严惩乘机盗抢的作乱之徒。
    当时，驻守南京的清军只有2万，
    双方力量对比悬殊。喀喀木召集众将商讨守城之策，众人议论纷纷，莫衷一是。忽小校来报，说崇明知府朱依佐在城外求见。原来，崇明城破后，知府朱依佐被擒。郑成功命其投降，他说：“头可断，志不可屈。”部将甘辉劝郑成功杀了此人，以免后患。郑成功说：“一介腐儒，杀之何益？由他去吧！”此时朱依佐单骑进入南京，喀喀木问他可有退敌之策。朱依佐反问：“如果郑成功全面攻城，我军能守几日？”喀喀木回答：“最多10日。”“那军中粮食可支几日？”“1月有余。”朱依佐哈哈大笑：“好!有这1月军粮，破敌就有希望。”第二天，朱依佐给郑成功写了一诈降信，说清军统帅想弃暗投明，无奈清朝军法规定，将领守城不超过30天，妻儿老小都要被杀，希望郑成功能够体谅。甘辉说：“这是缓兵之计，不可相信，应当立即攻城！”但郑成功考虑攻城伤亡太大，再者南京已成孤城，于是便不再攻城，只等30天后对方主动来降。
    古代打仗有点像今天的球赛，一方突破往往是寻找对方最薄弱的环节下手，一旦突破成功，形势就会立即发生逆转。当时，郑军自北伐以来连战连捷，轻敌思想笼罩全军，各别将领在围城期间失误频发。清军抓住时机，猛攻其薄弱环节，终致郑军全线溃败，10.5万人马损失过半。
    郑成功败回厦门后，清朝实施迁界禁海，郑军粮源日益缩小，难以养活数万人马。同时，清朝又派数省水陆大军前来围剿，形势越发不利。在此情况下，郑成功决定收复被荷兰人占据的台湾。